Bij exploitatiesubsidies bemoeit het college zich, in tegenstelling tot bij prestatiesubsidies, met de manier waarop de ontvanger de gesubsidieerde activiteiten uitvoert. Het is een subsidiesoort die geschikt is voor de sturing op activiteiten van instellingen, die niet of nog niet in staat zijn hun prestaties eenduidig te omschrijven en hun bedrijfsvoering daarop in te richten.